Қынап микрофлорасының бұзылуы — бұл қынап дисбиозы (дисбактериоз). Өмір бойы дерлік әрбір әйел кем дегенде бір рет осы жағдайға тап болады, ал кейбірінде ол созылмалы түрге ауысып, уақыт өте келе қайта-қайта өршіп отырады.
Қалыпты микрофлора — бұл қынаптың өзіндік экожүйесі, онда микроорганизмдер бір-бірімен және қоршаған ортамен тепе-теңдікте болады, басқа инфекциялардың дамуына жол бермейді. Әдетте әйелдің қынап микрофлорасы негізінен лактобактериялардан (90%), бифидобактериялардан (шамамен 10%-дан аз) және «қынаптың негізгі жасушаларынан» (1%-дан аз) тұрады. Соңғыларына гарднерелла, мобилункус туысына жататын бактериялар, кандида саңырауқұлақтары, лептотрикс және басқа да микроорганизмдер жатады. Лактобактериялардың ең жиі кездесетін түрлері: Lactobacillus crispatus, Lactobacillus iners, Lactobacillus jensenii, Lactobacillus gasseri.
Төмен pH деңгейі (қышқыл орта) қынап микрофлорасының құрамын реттейтін негізгі механизм болып саналады. Сүт қышқылы лактобактериялармен өндіріледі және қынаптың қышқылдығын арттырады. Лактобактериялар pH < 3,5 жағдайында жақсы дамиды. Қалыпты қынап pH деңгейі 4,5-тен төмен, әдетте 3,8–4,4 аралығында болады. Сутегі асқын тотығының (H₂O₂) түзілуі — микроорганизмдердің өсуін тікелей тежейтін белгілі механизм. Кейбір зерттеулер сутегі асқын тотығын өндіретін лактобактериялар қынап трихомонадасын, E. coli, Gardnerella vaginalis, Prevotella bivia, сондай-ақ АИТВ-1 және қарапайым герпес вирусының 2 типін (HSV-2) белсенділігін жоя алатынын көрсетеді. Дисбиоз кейде симптомсыз өтуі мүмкін немесе белгілі бір клиникалық белгілермен қатар жүреді, бірақ кей жағдайларда ауыр асқынуларға әкелуі мүмкін. Асқынулардың алдын алу үшін әйел өз денсаулығына мұқият қарап, қынап дисбактериозының белгілері пайда болғанда оны елемей немесе өз бетінше емделмей, дер кезінде дәрігерге жүгінуі қажет.